V lednu 1989 přinesl do filharmonie trombonista Ludvík Bortl petici za propuštění Václava Havla z vězení. Ta se šířila od konce ledna především v kulturních institucích a podepisovaly ji stovky lidí. Ve filharmonii se podařilo sebrat 30 podpisů, což ale neušlo vedení orchestru, které začalo hráče vydírat: nerozvážným politickým krokem prý můžou zavinit snížení platů, anebo ohrozit stavbu nové koncertní síně, kterou vedení KSČ filharmonii slibovalo. Výhrůžky měly efekt. Mnoho hráčů svůj podpis odvolalo a celá akce tak vyzněla ve filharmonii do ztracena.
Václav Havel byl květnu 1989 i díky mezinárodnímu tlaku z vězení propuštěn. A hned se opět zapojil do protestních aktivit. V červnu vydala Charta 77 jím připravený text s názvem Několik vět. Šlo o petici, která formulovala základní politické požadavky, které začaly podepisovat tisíce a později desetitisíce lidí. Jejich jména během léta a podzimu pravidelně zaznívala ve vysílání Svobodné Evropy a Hlasu Ameriky.
Zvlášť slavnější osobnosti mezi signatáři přitom neušly pomlouvačné kampani a perzekuci. Mnozí herci a zpěváci, kteří petici podepsali, nemohli do vysílání Československé televize. A právě to byla věc, která rozhořčila šéfdirigenta České filharmonie Václava Neumanna. V září 1989 ohlásil, že nebude s televizí spolupracovat. Dokud nebudou ve vysílání signatáři Několika vět, nechtěl být v televizi ani on. Svůj krok konzultoval s Ivanem Medkem, díky němuž se informace o Neumannově bojkotu dostala do zahraničních médií.
Právě z nich – a nikoli přímo od svého šéfdirigenta – se o protestu dozvěděli také filharmonici. V říjnu 1989 odjeli na velké západoevropské turné po Rakousku, Švýcarsku, Německu a Francii a během pobytu na hotelu ve švýcarském Neuchâtelu se v rádiu doslechli o Neumannově protestu. Hned druhý den dopoledne, před zkouškou koncertu ve Stuttgartu, se rozhodli ke svému šéfdirigentovi přidat a navíc bojkotovat i Československý rozhlas, který rovněž vylučoval signatáře Několika vět z vysílání. O návrhu se hlasovalo: 93 filharmoniků bylo pro, 3 se zdrželi a 1 byl proti. O hlasování se vzápětí dozvěděla BBC, která o protestu informovala své posluchače. Díky tomu se zpráva dostala i do Československa.
Po návratu z turné se ale filharmonici rozhodli o svém postoji informovat také oficiálně a nejen prostřednictvím médií. Do programového sešitu abonentních koncertů 16. a 17. listopadu 1989 proto vložili leták, v němž s bojkotem rozhlasu a televizi seznámili své posluchače. Koncert, který řídil Jiří Bělohlávek, měl i výjimečnou dramaturgii. Na pořadu byla premiéra díla Ivana Kurze Bláznovská zvěst odkazující na Pavlovy listy Korintským. Skladatel ke svému symfonickému obrazu do programu napsal: „Jsou v životě situace, kdy člověk vsadí na rozum a záchrana přichází skrze cit, kdy vsadí na sílu a vysvobození přináší bezbranné dítě, kdy se zaštítí mocí a perspektiva se ukáže v slabosti. To je ta bláznovská zvěst, která popírá naše představy o tom, co je anebo není perspektivní. To je ono vzkříšení k životu, ke kterému se přichází skrze smrt – smrt toho starého, které musí pominout.“ Ivan Kurz, filharmonici i posluchači koncertu mohli jen stěží tušit, že ten samý večer 17. listopadu se jen pár stovek metrů od Obecního domu (kde koncert probíhal) začne starý režim hroutit.
Stávku ale filharmonici brzy ukončili. Rozhodli se totiž hrát, a to právě pro stávkující studenty. Během listopadu a prosince 1989 odehráli řadu dopoledních i večerních koncertů, z nichž se mnohé staly pro hráče i posluchače nezapomenutelnými. Mezi takové patřil večerní koncert 24. listopadu, na jehož programu byla Má vlast. Již tak euforický zážitek ze Smetanovy hudby byl korunován výbuchem radosti. Když už dozníval poslední potlesk, vrátil se orchestr nečekaně na pódium a dramaturg filharmonie Antonín Pešek přečetl čerstvou zprávu ČTK: na mimořádném zasedání ÚV KSČ odstoupilo celé předsednictvo. Šéfredaktor Hudebních rozhledů Jan Vičar na tento zážitek později vzpomínal: „Lidé se objímají, pláčí, nevěří, věří, pro mnohé je to nepředstavitelně víc, než v dané chvíli očekávali, pro jiné je to onen první krok, za nímž budou následovat další. Lidé skandují, radují se a opět (po kolikáté už během večer?) ukazují ono ‚V‘, ale tentokrát už je to české ‚vítězství‘.“
Na mnoha koncertech se nejen hrálo, ale také promlouvalo a diskutovalo. Na koncertech 30. listopadu a 1. prosince vystoupili s proslovy cestovatel Jiří Hanzelka, herci Jana Hlaváčová a Luděk Munzar, sociologové Miloslav Petrusek a Ivan Gabal či filozof Martin Palouš. Adventní dvojkoncert 7. a 8. prosince se nesl ve slavnostním duchu. Herec Rudolf Hrušínský přečetl poselství kardinála Františka Tomáška adresované České filharmonii: „Žijeme u nás právě ve zrychleném tempu řešení naléhavých problémů. Žádný z nás jako občan nemůže být pouhým divákem, ale je povinen odpovědně osobně zasahovat do jejich řešení. Jako křesťan, jako křesťané, musíme to dělat podle slov Písma svatého: ‚Vaše řeč budiž ano, ano, ne, ne.‘“
Vrcholem revolučních vystoupení České filharmonie byl Koncert pro Občanské fórum 14. 12. 1989. Na programu byla Beethovenova Devátá symfonie. Když odezněla Óda na radost, vystoupil na pódium Václav Havel a představil novou vládu s ministry za Občanské fórum. Havel byl přitom zatím jen prostým občanem a v prezidentské volbě mu silně konkuroval Alexander Dubček. Koncert živě přenášely Československá televize i rozhlas, jejichž ředitelé dokonce promluvili na pódiu. Tím oficiálně skončil jejich bojkot ze strany České filharmonie. Když pak lidé v sále na závěr skandovali Havlovo jméno, mohla to díky živému přenosu vidět a slyšet celá republika.
V prezidentské volbě 29. prosince byl Havel zvolen a filharmonici byli znovu při tom, když na oslavu zvolení nového prezidenta odehráli v katedrále sv. Víta Dvořákovo Te Deum. Uzavíral se rok 1989, v němž nejen filharmonici, ale postupně miliony občanů našli odvahu vzepřít se komunistickému režimu. S novým rokem se otevírala nová, svobodná epocha v dějinách státu. A spolu s ní také nové problémy, které si v euforickém podzimu 1989 asi uměl představit jen málokdo.
